El nombre Nicoya era el nombre del monarca que reinaba en Nicoya a la llegada de los españoles en 1523 y parece provenir del náhuatl Nicúa y Necoclau.
Este último parece significar "península", pues "necoc" significa "a ambos lados" y "lau" es "mar".
Nicoya fue el cacicazgo más importante del Pacífico norte de Costa Rica.
[1] Tras la conquista española en 1522, Nicoya surgió como una entidad colonial supeditada, primeramente, a la Villa de Bruselas, la primera población colonial española organizada en territorio costarricense, en 1524.
Sin embargo, esta dependencia solamente era financiera (el objetivo de las Reformas borbónicas), pues en lo político, el Partido continuaba gozando de libertad en sus decisiones, sin estar supeditado a las directrices nicaragüenses.
Esta autonomía política implicaba que el Partido podía tomar sus propias decisiones, entre ellas, la ratificación de la independencia del Imperio español y la de la posterior anexión a Costa Rica.
Tres días después, otro plebiscito similar se llevó a cabo en Santa Cruz, con el mismo resultado.
En 1841, Braulio Carrillo Colina volvió a reorganizar al país en cinco departamentos: San José, Alajuela, Cartago, Heredia y Guanacaste.
El cambio de decisión de las autoridades municipales de Guanacaste ha sido atribuido a distintas razones según los historiadores de ambos países: los nicaragüenses opinan que el hecho fue motivado por el uso de la violencia por parte del gobierno costarricense, mientras que los costarricenses opinan que se debió a que las autoridades políticas y militares del Partido temían que la permanente guerra civil entre leoneses y granadinos por el control del poder en Nicaragua terminara extendiéndose hasta el Partido, mientras que Costa Rica les ofrecía una condición más ventajosa y estable en lo político y económico, pues solamente había experimentado la corta guerra civil de 1823.
En 1838, las tres municipalidades (Santa Cruz, Nicoya y Guanacaste) confirmaron su decisión de permanecer anexadas a Costa Rica.
La anexión del Partido de Nicoya a Costa Rica también generó problemas limítrofes con Nicaragua, que en cierta forma, continúan presentes aún el siglo XXI.