En 1786, el territorio de Nicoya fue nuevamente unido a la provincia de Nicaragua, al crearse la Intendencia de León.

La Diputación Provincial de Nicaragua y Costa Rica estaba integrada por un total de siete diputados, correspondiendo uno para León, Granada, Rivas, Segovia, y Nicoya; y dos por Cartago.

[2]​ En mayo de 1814, con la abolición de la Constitución de Cádiz fueron disueltas la Diputación y la Provincia de Nicaragua y Costa Rica, para volverse a formar la Intendencia de León y la Provincia de Costa Rica.

El 13 de diciembre de 1820, la Diputación Provincial de Nicaragua y Costa Rica dividió el territorio provincial en siete partidos: El Realejo, Nueva Segovia, León, Granada, Nicaragua (Rivas), Nicoya y Costa Rica.

El 11 de octubre de 1821, la Provincia de Nicaragua y Costa Rica proclama su independencia absoluta de España, pero casi enseguida surgen desavenencias en su territorio, el partido de Granada y el partido de Costa Rica erigen gobiernos propios, separados del partido de León; luego el Partido de Costa Rica se constituye en una nueva provincia de Costa Rica, mediante la Constitución que emite el 1 de diciembre de 1821, denominada Pacto Social Fundamental interino o Pacto de Concordia, por lo que inevitablemente se extingue la Provincia de Nicaragua y Costa Rica, y se forma una nueva provincia de Nicaragua que es anexada al Primer Imperio mexicano de Agustín de Iturbide, mediante decreto del 5 de enero de 1822.