La audiencia estuvo compuesta al principio de cuatro oidores letrados, seguidamente fue trasladada en 1544 a Gracias a Dios, actual ciudad de Gracias (Lempira), en Honduras, punto fronterizo de las provincias de Guatemala, Honduras y Nicaragua.
La jurisdicción de la real audiencia y de la capitanía general guatemalteca originalmente comprendía los actuales territorios de Yucatán, Tabasco, Cozumel, Chiapas, Soconusco, Guatemala, El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica.
Corresponde lo que posteriormente en el siglo XVII Antonio de León Pinelo denominó «Audiencia Pretorial» o «Audiencia Pretoriana», que definía a una audiencia gobernadora cuya jurisdicción coincidía con la de una capitanía general, definida en su momento por razones geopolíticas ante la disputa que las potencias europeas hacían a España en el Caribe.
[6] Sin embargo, debido a los abusos que cometía, el 30 de mayo de 1563 se nombró al licenciado Francisco Briceño como visitador por real cédula del rey Felipe II.
[8] Landecho huyó y logró embarcarse en Amatique, pero el barco en que iba zozobró y se asume que falleció en la travesía.
[10] No obstante, Yucatán y Tabasco pasaron a depender definitivamente de la Real Audiencia de México,[11] a la que pertenecieron hasta la independencia del territorio en 1810.
En 1753, del corregimiento del Valle de Guatemala el capitán general José Vásquez Priego Montaos y Sotomayor formó las alcaldías mayores de Chimaltenango y de Sacatepéquez.
[16] Finalmente, se encontraba el Oidor Decano, a quien por antigüedad le correspondía la «Asesoría del Tribunal de Cruzada».