Tuvo su sede en el palacio edificado por don Juan de Oñate, más tarde conocido como Palacio de Medrano.
[2] Durante sus casi trescientos años de existencia sus territorios variaron enormemente según se fueron realizando procesos de conquista emanados desde ella.
Durante su mayor apogeo comprendió los actuales estados de Jalisco, Nayarit, Sinaloa, Aguascalientes, Durango, Sonora, Chihuahua, Nuevo León, Tamaulipas, Coahuila, Texas, Alta California, Baja California, Baja California Sur y Nuevo México, generándose más tarde una serie de gobernaciones y reinos semi-autónomos como los de la Nueva Vizcaya, el Nuevo León y el Nuevo Santander, donde también se establecieron obispados sufragáneos del de Guadalajara.
Bajo las órdenes de Orozco, él mismo doctor en cánones, se abolió el sistema de cuatro oidores-alcaldes sustituyéndolos por un tribunal mayor compuesto por letrados y presidido por él mismo como gobernador y capitán general del reino, se estableció la transformación del tribunal de primera instancia a tribunal superior con independencia absoluta del de México, así como el establecimiento de la Real Chancillería a imitación de las de Valladolid y Granada.
Bajo ese proceso se establecieron los cargos de presidente, fiscal, alguacil mayor, escribano, relator, repartidor, tasador, abogado, procurador, receptor, portero, alcaide e intérprete,[2] que fueron otorgados a letrados .