El Rey que los subvencionaba con más de doscientos mil pesos anuales, que sin duda no tenía otro fruto que la salvación de las almas, mantuvo enérgicamente su propósito de conservarlo ante esa sola consideración.Se distribuyeron en Bataan y Pangasinan, quedando en la capital el vicario para establecer su convento.A los dos años de su llegada se derrumbó la iglesia, que fue reedificada en el mismo sitio en que hoy se halla construida.En 1585 fracasa la expedición a las Molucas, confiada al capitán Pedro Sarmiento y que pretendía auxiliar a los portugueses para la conquista de Ternate.Para su defensa se emplearon los primeros cañones fabricados en el archipiélago, los Panday Pira, Pandapira en idioma español.La muralla la inició su sucesor Gómez Pérez das Mariñas.Al final de su gestión, encontrándose enfermo y desvalido, realizó repetidas peticiones al Consejo de Indias para que su extensos méritos y servicios se vieran recompensados en su hijo mayor, lo que no consiguió, en apariencia, por la ineficacia del consejo para transmitir sus achaques al rey, quien decía no entender los motivos del gobernador Vera para jubilarse.
Escudo pequeño del Monarca español (Soberano de las Coronas de Castilla y Aragón, Milán y los Países Bajos españoles), c.1504-1580.
