El obispado católico de Manila fue creado en 1579, pasando a ser arzobispado en 1591 cuando se crearon tres obispados sufragáneos: Cebú, Nueva Segovia y Nueva Cáceres.

Previamente a su creación, los asuntos judiciales dependían de la Real Audiencia de México.

Según sostiene Govantes, si bien la Audiencia debió dictar reglas sobre la forma de algún procedimiento o bien establecer jurisprudencia, los encomenderos siguieron ejerciendo su jurisdicción de un modo exclusivo y según su criterio, por falta de Letrados que les asesorasen.

Descontento con los límites que la Audiencia imponía a la autoridad del gobernador, decidir sin extraordinarias demoras los recursos de apelación suponía un deslinde entre las atribuciones del orden gubernativo y las del judicial, por lo que el titular del cargo Santiago de Vera la disolvió en 1590, enviando de vuelta a México a los oidores que la componían.

[3]​ El gobernador Francisco Tello de Guzmán la restableció en 1596.