[3]​ En 1545 se trasladó a Nueva España, donde vivió durante veinte años.

[4]​ Se casó con Isabel Garcés, hermana del obispo de Tlaxcala Julián Garcés, y de dicha unión nacieron nueve hijos (cuatro varones y cinco mujeres).

La expedición la componían cinco embarcaciones y Urdaneta participaba en ella como piloto.

[7]​ La expedición atravesó el Pacífico en 93 días y pasó por el archipiélago de las Marianas.

Legazpi ordena lo siguiente: Compraron alimentos a los nativos y tomó posesión de la isla para la Corona española.

Ante estos hechos, el rey Tupas acompañado por Tamuñán se presentó a Legazpi, que los recibió en su barco La Capitana, para acordar la paz.

[11]​ Como respuesta a la expulsión española de las Molucas, Felipe II decidió mantener el control sobre las Filipinas.

En 1566 llega el galeón San Gerónimo desde México, con lo que queda definitivamente confirmada la ruta.

[12]​ En 1567, 2100 españoles, los soldados y los trabajadores llegaron a Cebú por órdenes del rey.

Fundan una ciudad y construyen el puerto de Fortaleza de San Pedro, que se convirtió en su puesto avanzado para el comercio con Nueva España y la protección contra rebeliones nativas hostiles y los ataques de los portugueses, que fueron definitivamente rechazados.

Legazpi destacó como administrador de los nuevos dominios, en donde introdujo las encomiendas, tal como se hacía en América, y activó el comercio con los países vecinos, en especial con China, para lo que aprovechó la colonia de comerciantes chinos establecidos en Luzón desde antes de su llegada.

[13]​ La conquista siguió por las islas restantes, Panay (donde estableció su nueva base), Masbate, Mindoro y, finalmente, Luzón, donde encontró la gran resistencia de los tagalos.

[15]​ Legazpi llegó a un acuerdo con los gobernantes locales Rajahs Suliman, Matanda y Lakandula.

En el mismo se acordaba fundar una ciudad que tendría dos alcaldes, doce concejales y un secretario.

Cuatro años después de su fundación, Manila sufrió un ataque a manos del pirata chino Lima-Hong.

En la actualidad, la llamada Torre Legazpi alberga una escuela de música.