Viendo como el número inicial quedó muy menguado por deserciones y muertes, Ronquillo solicita al virrey de Nueva España más gente para completar la expedición.
En 1582 convierte a la ciudad de Manila en la capital política y económica del archipiélago, estableciendo ese mismo año el Palacio del Gobernador en Intramuros, donde integra todas las actividades gubernamentales.
En 1581 se reanuda la guerra contra Sirela despojándolo su hermano de sus dominios por segunda vez.
En marzo de 1582 Fray Pablo de Jesús, junto con otros misioneros, volvieron a entrar en China, donde se difunden conversaciones escandalosas sobre Filipinas.
Tuvo que aplazar su proyecto debido a los estragos ocasionados en la provincia de Cagayán por un corsario japonés.
En 1582 se produce la defensa de Cagayán, donde Juan Pablo de Carrión derrota a los samuráis japoneses, enfrentando a arcabuceros, piqueros, y rodeleros españoles contra los rōnin (samuráis sin señor), y en menor medida, los ashigaru (soldados rasos) nipones.
Mientras aquella escuadra hacía la guerra en Molucas, volvieron en Filipinas las disensiones entre los religiosos y los encomenderos; y en un acuerdo sinodal sobre jurisdicción eclesiástica tuvo que intervenir Ronquillo con el mayor pulso para evitar un conflicto.