Fue hijo del historiador León Fernández Bonilla y de Isabel Guardia Gutiérrez.

Cultivador y seguidor de lo mejor de la tradición literaria española y francesa, Fernández Guardia se identifica hoy con el nacimiento del realismo literario y del teatro costarricense, con una obra merecedora del puesto de primer autor clásico de Costa Rica.

También fue autor de varias obras literarias, y del ensayo político El mensaje de 1916, en el que se criticaban las políticas del Presidente Alfredo González Flores.

Fue Secretario de la Legación de Costa Rica en Europa (1885–1889) y Encargado de Negocios ad interim en España (1886–1887), Primer Secretario de la Legación en Europa (1897–1901), Ministro en misión especial en Italia (1900), ministro en misión especial en Honduras (1904), agente confidencial de Costa Rica en los Estados Unidos (1917), ministro en misión especial en Panamá (1920) y en México (1921), cónsul general en España (1929–1930) y ministro plenipotenciario de Costa Rica en Guatemala (1944–1945).

Su hijo Ricardo Fernández Peralta también se distinguió como historiador y genealogista.