Durante la dominación castellana fueron fundadas en el territorio de la provincia de Costa Rica numerosas villas y ciudades de españoles, aunque la mayoría tuvo una vida efímera y solamente subsistieron las ciudades de Cartago y Esparza.
A partir del siglo XVI, los indígenas de Costa Rica fueron concentrados por las autoridades españolas en pueblos llamados reducciones.
En 1662, según un detallado informe del Gobernador interino Don Rodrigo Arias Maldonado y Góngora sobre las doctrinas franciscanas existentes en Costa Rica, las reducciones que habían subsistido eran las siguientes: Abangares, Aoyaque, Aserrí, Atirro, Barva, Boruca, Chirripó, Cot, Curriravá (hoy Curridabat), Güicasí, Güizirí, Orosi, Pacaca, Quepo, Quircot, San Bartolomé de Duqueiba, San Ildefonso de Atapas, San Salvador, Santa Catalina de Garabito, Sufragua, Teotique, Tobosi, Tucurrique, Turrialba, Ujarrás y el pueblo de los botos.
En la Alcaldía Mayor de Nicoya, (Partido de Nicoya) cuyo territorio hoy pertenece a Costa Rica, existían en 1684 las siguientes reducciones: Cabo Blanco, Cangel, Chira, Nicopasaya, Nicoya, San Juan de Indiriá y Santa Catalina.
En el siglo XVIII surgieron una serie de poblaciones de extracción fundamentalmente mestiza, desarrolladas a partir de alguna ayuda de parroquia, sin un acto jurídico de fundación ni gobierno municipal propio.