Badajoz fue una antigua población de la Provincia de Nueva Cartago y Costa Rica, llegando a ser capital de la Veragua Real, situada en la margen derecha del río Sixaola, en territorios hoy pertenecientes a la República de Panamá.

Al puerto en la boca del río se le dio el nombre de Puerto de San Marcos.

La población solamente duró unos meses y debió ser abandonada debido a la llegada de Rodrigo de Contreras, gobernador de Nicaragua, quien no tenía autoridad en esa región pero atacó y encarceló a Sánchez de Badajoz y destruyó toda su obra colonizadora, apoderándose de sus bienes y luego de haber cometido graves crueldades con sus soldados y con los indígenas de la región, la abandonó.

Para entonces, la Veragua Real había desaparecido oficialmente como circunscripción, ya que en 1540 su territorio fue unido por la Corona con otros territorios de la vertiente del Pacífico hasta entonces pertenecientes a Castilla de Oro, para crear con ambos la provincia de Nueva Cartago y Costa Rica.

Fue bautizada como Badajoz, haciendo alusión a la ciudad española de su mismo nombre, de donde Hernán era natural.