Al ser primos, necesitaron una dispensa del tercer grado de consanguinidad para poder casarse.

Cuatro años más tarde, en 1749, fue nombrado secretario del comandante José Vázquez Priego y se trasladó a Madrid.

[3]​ Gracias a sus buenas relaciones en la Corte y a la protección del marqués de Grimaldi, ocupó un puesto en la Secretaría del Despacho Universal de la Guerra un año después.

[4]​ Su carrera profesional ascendente se vio truncada por un incidente acontecido con el dramaturgo francés Pierre-Augustin Caron de Beaumarchais: al parecer incumplió la promesa de matrimonio dada a su hermana después de seducirla y Beaumarchais vino a Madrid para denunciarlo ante el embajador francés.

Clavijo ya había tenido una reconocida experiencia periodística con la publicación del periódico semanal El Pensador, que fundó y dirigió de 1762 a 1767.

Combatió incansablemente los viejos tópicos españoles y se le acusó de anticlerical por su oposición a los autos sacramentales.

[5]​ Esta revista fue la primera dedicada en exclusiva a las ciencias naturales en España y su primer número fue publicado en enero de 1777.

Tardó nueve años en volcar al castellano veinte volúmenes de esta obra.

Sus amigos William Bowles y Nicolás de Azara le sugirieron acometer esta magna tarea.

Tuvo que crear un vocabulario científico nuevo para describir las especies zoológicas, porque no existían ese léxico en la lengua española del siglo XVIII.

En ellas el autor satirizaba las modas extranjera e instaba a recuperar hábitos antiguos.