En esas condiciones, unas fuerzas poco disciplinadas y mal equipadas, pero apoyadas por la población, podían hacer mucho daño a un ejército regular de invasión.
Las nuevas autoridades designaron al general Manuel Belgrano como nuevo jefe del Ejército del Norte, quien comenzó la Segunda expedición auxiliadora al Alto Perú y ordenó el repliegue de las tropas y de la población toda desde Jujuy hasta Tucumán en el denominado Éxodo Jujeño.
[17] Para ello encomendó a su segundo, el mayor general Eustoquio Díaz Vélez, hacerse cargo de la retaguardia del éxodo jujeño.
[18] Díaz Vélez llamó a ese regimiento de gauchos: "Los Patriotas Decididos".
Desde allí estableció contactos con hacendados como José Ignacio Gorriti y Pablo Latorre, que lo ayudaron a reunir milicias.
En respuesta, dos grupos de voluntarios a caballo, dirigidos por los hacendados Luis Burela y Pedro José de Zavala, se rebelaron, quitaron armas a los realistas y comenzaron la resistencia armada.
En un principio, estos dos grupos se pusieron en contacto con Saravia, pero más tarde reconocieron como líder a Güemes.
5] Por razones de salud, San Martín renunció cuatro meses después, reemplazado por el coronel José Rondeau.
Rondeau reemplazó como jefe de vanguardia al coronel Güemes por Martín Rodríguez.
Este rechazó airado la designación de Güemes aunque, por el momento, poco podía hacer en su contra.
[25] Para entonces, tras seis años de campañas, el Ejército del Norte apenas era operativo.
Poco después, Juan Martín de Pueyrredón reemplazó a Rondeau en el Directorio, pero no habría más expediciones al Alto Perú.
Desde entonces las milicias gauchas al mando del gobernador salteño pasaron a desempeñarse como un ejército en operaciones continuas.
Más movilidad tenían otros jefes, como Gorriti, Latorre y Juan Antonio Rojas.
Toda la población participaba: como guerreros los hombres; como espías o mensajeras las mujeres, niños y ancianos.
Cuando los realistas se acercaban a un pueblo o una hacienda, los habitantes huían con todos los víveres, el ganado, cualquier cosa que pudiese ser útil al enemigo.
Güemes había solicitado a Buenos Aires que se instalara un ejército con el objetivo de frenar los avances realistas, pero el director Supremo de las Provincias Unidas, Ignacio Álvarez Thomas, lo consideró innecesario.
El gobierno central porteño se negó a su creación, expresando que: "No hay motivo que justifique la creación de un Cuerpo de Línea en esa Provincia donde no hace falta".
Ante su avance, los realistas que ocupaban Yavi (el segundo regimiento, un batallón de partidarios y una brigada de artillería) abandonaron sus posiciones replegándose a Moraya, suponiendo que era el general Belgrano quien avanzaba con todo su ejército.
Olañeta y el coronel José María Valdez iniciaron una nueva invasión en Yavi con 2400 hombres.
También se enteraron de que, en agosto, partiría desde Chile la expedición libertadora al Perú.
Durante ese mes la Expedición Libertadora del Perú de San Martín desembarcó en la costa peruana.
Güemes había conversado con San Martín sobre sus ideas de atacar Perú desde Chile.
El más indicado para esas operaciones era Güemes, y San Martín lo nombró General en Jefe del Ejército de Observación.
Este era informado sobre los movimientos de San Martín en la campaña del Pacífico, y cuando desembarcó en la costa peruana, Güemes decidió avanzar hacia el Alto Perú.
Fracasó el intento de asesinato, y Arias se refugió en Tucumán.
Güemes regresó sin prisa, ocupó pacíficamente la ciudad, y perdonó a todos.
Por otro lado, el partido de los enemigos de Güemes no era del todo adicto a los realistas, por lo que Olañeta permitió al cabildo elegir gobernador al anciano coronel José Antonio Fernández Cornejo, y el 14 de julio firmó con él un armisticio, retirándose a continuación al Alto Perú.
[43] La mayoría de los irregulares usaban lanzas, sables, lazos y boleadoras, algunos menos fusiles, todos a caballo.
Ésta fue un suceso de taquilla que llegó a estar 19 semanas en cartel y fue vista por 170 mil personas.