El 18 de agosto Echazú convocó un Cabildo Abierto donde ratificó el apoyo de Tarija a Buenos Aires que se dio el 25 de junio y se designó a José Julián Pérez de Echalar como diputado para representar a Tarija en la Junta Grande reunida en Buenos Aires.
Las ciudades del Alto Perú volvieron a caer bajo control español, y entre ellas el territorio rioplatense Tarija ocupada por Pío Tristán en 1812.
En 1813 Manuel Belgrano, nuevo jefe del Ejército del Norte, ingresó al Alto Perú por lo que Tarija volvió al control de los revolucionarios hasta que Belgrano es derrotado en la Batalla de Ayohuma el 14 de noviembre de 1813, debiendo evacuar el Alto Perú.
Su sobrino Manuel Rojas asumió el liderazgo de los que lograron salvarse refugiándose en los montes, desde los cuales hostilizaron a los realistas.
Luego de ser liberada, Tarija volvió a caer en noviembre de 1816 en manos del realista La Serna, quien nombró como comandante y subcomandante de Tarija a Mateo Ramírez y a Andrés Santa Cruz.
Pérez de Uriondo se trasladó para resistir en Padcaya.