Puesto en libertad en Gran Bretaña en 1808, quedó en España, siempre en servicio del rey.
El gobierno porteño quería mantener una forma de estado claramente unitaria, no innovando al respecto.
Pese a que esto dejó desguarnecido parte del campamento patriota, los españoles habían quedado escarmentados en la batalla de Cerrito y no lo aprovecharon.
De inmediato se puso a organizar la que fue la Tercera campaña al Alto Perú.
Poco después, Güemes y algunos Granaderos a Caballo salvaron la campaña en otra victoria, en el Combate de Puesto del Marqués.
Mientras tanto, Rondeau ordenó reemplazar a Warnes por Santiago Carrera, quien fue depuesto del cargo y muerto.
El jefe enemigo, Joaquín de la Pezuela, resultó mucho mejor estratega que Rondeau.
En este se le encargaba la defensa de la frontera norte del país al gobernador salteño.
Lo hizo muy bien, mucho mejor que lo esperado: soportó cinco invasiones sin ayuda externa y, finalmente, se sacó de encima a los realistas.
Los gobernadores de Cuyo y Salta se consideraban, en la práctica, sólo aliados del Directorio.
Los de Córdoba y Tucumán, nombrados por Pueyrredón, se manejaban con mucha autonomía.
La Banda Oriental, o al menos sus ciudades costeras, estaba dominada por los invasores portugueses, con apoyo evidente del gobierno central.
Sin embargo, la peor amenaza para su gobierno estaba mucho más lejos: en Cádiz se estaba organizando una poderosa invasión al Río de la Plata.
La revolución liberal en España suspendió su partida, pero la noticia no llegó a Buenos Aires sino después de la caída del Directorio.
Rondeau se abocó a terminar cuanto antes con los federales, obstinado en no cederles la autonomía que reclamaban.
Manuel Belgrano, a cargo del Ejército del Norte, obedeció y dejó el mando en manos de Francisco Fernández de la Cruz, y como segundo al general Bustos.
Como San Martín se negó, envió al general Juan Ramón Balcarce a tomar el mando de su ejército y traerlo a Buenos Aires; los gauchos de Estanislao López detuvieron el convoy.
La batalla duró diez minutos, y la huida de la caballería directorial arrastró a Rondeau.
Rondeau renunció el 11 de febrero, y en marzo abandonó la ciudad trasladándose a Montevideo.
En 1825 hizo una campaña general sobre la frontera pero fue completamente derrotado en Toldos Viejos, cerca de Dolores.
Enterrado con excepcionales honores, sus restos, que descansan en el Panteón Nacional del Cementerio Central, fueron solicitados en 1891 por la Argentina a fin de reintegrarlos a su patria natal, pero Uruguay determinó que sus cenizas debían permanecer en su suelo, al cual había servido como patria propia.