[4]​ Debido a que la vida de los habitantes en Tarija de la época virreinal era en su mayoría en el campo, Méndez estaba emparentado con la reconocida familia española Ibarbulo en San Lorenzo, sería en sus haciendas de esta familia donde trabajaría Eustaquio Méndez, con lo que posterior a eso lograría tener sus propias haciendas en San Lorenzo.

Realizando incursiones para recuperar nuevamente el mando de la misma (provocando serias pérdidas del lado realista) y retirándose estratégicamente a Carachimayo, desde donde emprendía acciones sorpresivas contra estos.

En agosto de 1818, Méndez sufriendo derrota en Itaú y Caraparí contra los realistas comandados por Vigil, fue capturado; el coronel Antonio Vigil, por órdenes del general José de la Serna, como castigo, le cortaron la mano derecha a Méndez.

Tras la retirada de Valdés, Méndez huyó al norte argentino dirigiéndose a Salta y después a Tarija en la división del general Juan Antonio Álvarez de Arenales en 1825.

Habiendo cumplido con sus labores militares, se retiró temporalmente a su casa en San Lorenzo, en allí fue donde contrajo matrimonio con Doña María Salomé Ibarbol en enero de 1825.

También se envío una carta a Álvarez de Arenales dando parte que la población tarijeña eligió y aclamó como gobernador al Dr.

Méndez decidió alejarse del ámbito militar, y se retiró a San Lorenzo.

Se presume de que Méndez fue partícipe de la batalla de Montenegro, comandando junto al prefecto Bernardo Trigo, Fernando María Campero Barragán y Manuel Dorado el escuadrón del Batallón Méndez y que estos eran comandados por Sebastián Agreda, el general Burdett O'Connor y posteriormente Otto Philipp Braun, quiénes comandaban también el ejército mayor, Ejército de Bolivia y el Batallón Socabaya.

[18]​[1]​ En esas, Méndez y algunos de sus hombres lograron escapar dirigiéndose hacia San Mateo y Las Barrancas pero fueron alcanzados los cuatreros, dispararon a Méndez en la espalda, muy malherido cayó del caballo, ultrajado fue remitido a lomo de animal hasta la cárcel del Cabildo Capitular en la ciudad de Tarija (actual Patio del Cabildo Municipal), en la celda denominada "Infiernillo" fue donde continuó siendo objeto de torturas y ultrajes.