Su creación también contó con la confirmación del Papa Inocencio XI, mediante Bula Pontificia.
Inicialmente fue una universidad aristocrática que benefició a la nobleza colonial huamanguina.
En 1883, el general Andrés A. Cáceres ordenó mediante un Decreto la reinstalación de la Universidad.
La difícil marcha de la Universidad no pudo escapar ni permanecer ajena al mal momento político que se vivía en el país.
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Participó en la Intermedia durante la década de 1980 donde integró la Región Centro pero no pudo lograr el ascenso a la Primera División.
Del total de 92 universidades licenciadas en el Perú,[8] la Universidad Nacional Federico Villarreal se ha ubicado regularmente dentro de los cincuenta primeros lugares a nivel nacional en determinados rankings universitarios internacionales.