Luego de la primera derrota cacerista en Lima, Pedro Mas lideró una división del ejército iglesista, conocida como "Pacificadora del Centro" con la finalidad de poner a los pueblos de los departamentos de Junín y Huancavelica bajo el control iglesista.

Entre noviembre de 1884 y febrero de 1885, la "Pacificadora del Centro" encontró efectiva resistencia en las guerrillas campesinas indígenas desde Huancayo a Huancavelica y Huanta, desde Ayacucho a Acobamba hasta Chongos Alto[5]​.

En 1894 fue nombrado por el presidente Andrés A. Cáceres como prefecto del Cusco y comandante del Ejército del Sur, el ejército de cerca de 2000 hombres que defendería al régimen cacerista en los departamentos de Puno y Cusco durante la Guerra Civil de 1894 y 1895[6]​.

Durante su gestión como Prefecto del Cusco estableció un gobierno castrense tiránico que desterraba a los civiles desafectos al gobierno de Cáceres a la isla de Taquile, en el Lago Titicaca, sino que imponía cupos y cometía latrocinios dirigidos por él y ejecutador por el subprefecto Antonio Marzo y el jefe de los gendarmes Felipe Santiago Masías, un chalaco de 1.80 metros de estatura, que imponía el terror a los cusqueños[7]​.

Pedro Mas, conocedor de la caída del régimen cacerista el 17 de marzo de 1895 en Lima, fugó del Cusco rumbo a La Paz, Bolivia llevándose con él el dinero de la Caja Fiscal.