En esta fase los 50 equipos clasificados juegan seis partidos contra tres rivales (ida y vuelta) que tengan cercanía geográfica.
La Fase Nacional, desde el año 2015, se juega con el formato creado por Leandro Shara, protegido bajo Propiedad Intelectual, y entregado para su uso por la empresa MatchVision.
Los perdedores de esta ronda arrancarán la Copa Perú 2020 directamente en sus respectivas ligas provinciales.
Al igual que en las rondas anteriores, serán locales en la vuelta los equipos con una mejor posición en la tabla general.
Al final de las tres fechas el primer clasificado se proclamará campeón y ascenderá a la Liga 1 2020.