Para la Etapa nacional, se usa el formato de zonas, creado por Matchvision, utilizado desde la edición 2015.

Sin embargo, en esta edición la FPF organiza el torneo sin autorización de la compañía.

En esta fase los 50 equipos clasificados jugaron seis partidos contra rivales con cercanía geográfica.

Al final de las tres fechas el primer clasificado se proclamará campeón y ascenderá a la Primera División 2019.

[7]​ Los criterios de clasificación para la tabla final del cuadrangular son: