Para el año siguiente, tras otra excelente campaña se pudo subir a la primera división distrital, logrando el derecho para competir en la Copa Perú.

Para la campaña del 2015 tuvieron algunos problemas financieros, los cuales no le iban a permitir continuar en primera.

[2]​ El clásico rival del Carlos Stein es el Pirata Fútbol Club, equipo que también pertenece al distrito de José Leonardo Ortiz.

Carlos Stein se mantuvo en la etapa regular sin embargo cayó en los repechajes de la primera ronda ante Deportivo Garcilaso del Cusco.

Tras superar las llaves del reducido por la promoción contra Deportivo Llacuabamba, Unión Comercio y Sport Chavelines, el equipo logró quedarse con el subcampeonato de la Liga 2 y así acceder a los play-off del ascenso.

Con ello, enfrentó al antepenúltimo puesto de la Liga 1 2021, que en esa temporada fue el Deportivo Binacional.

Sin embargo, su vuelta a la máxima categoría del fútbol peruano se vio en peligro cuándo salieron los resultados del TAS, donde los resultados dieron a consecuencia la permanencia de Deportivo Binacional y el descenso de Cusco FC, sobre todo si se tenía que volver a disputar la revalidación pero esta vez con la Universidad San Martín.

Pues, los carlistas no registraron ninguna victoria en todo el torneo más que solo 5 empates y 20 derrotas.

No obstante, el equipo rival declinó jugar ante las malas condiciones económicas en que estaban de tiempo atrás.

Tras quedar últimos en la Zona Norte el cuadro se vio obligado a jugar el Grupo Descenso, del cual era inevitable.