Alianza Universidad de Huánuco

[3]​ Participó en el Campeonato Regional del Centro de 1991 con poco éxito, pues apenas logró 9 puntos,[4]​ y por la reducción de equipos para la siguiente temporada, no lograría su clasificación al Campeonato Descentralizado 1992, perdiendo la categoría y retornando a la Copa Perú.

Copa Perú 2010 Los azulgranas llegarían solo hasta la Etapa Regional, donde quedó segundo en su grupo por detrás de ADT, equipo que clasificó.

Su mejor campaña fue en la Copa Perú 2011, donde Alianza Universidad empezó a jugar desde la Etapa Departamental, donde fue campeón.

[8]​ Tras la vuelta del fútbol, el cuadro azulgrana no se pudo recuperar y quedaron en el puesto 10 con 37 puntos, que dejaron al equipo fuera de toda competición internacional.

Alianza Universidad perdió la categoría en la última fecha tras caer 1-2 frente a Ayacucho FC, finalizando como colista del torneo con apenas 23 puntos.

[10]​ En su regreso a la Segunda División, el cuadro huanuqueño afronta la Liga 2 2022 con un pobre rendimiento durante la primera etapa del campeonato, en la que solo ha conseguido once puntos y dos victorias en el torneo apertura.

Ya en el torneo clausura, el equipo se rehízo logrando diecinueve puntos y cinco victorias.

Tras ganar 3-1 en Huánuco[12]​ y perder también con ese mismo resultado en Andahuaylas, tuvieron que definir al ascendido desde el punto de penalti.

Lamentablemente, el cuadro huanuqueño perdería 3-2 en dicha tanda y de esa forma se les escapa el ascenso «por un pelo».

El rival a quien le tocó enfrentar en la gran final por el campeonato de la Liga 2 fue Juan Pablo II College.

Tuvo sus momentos más gloriosos por los años noventa, cuando ahí se jugaba el Campeonato Descentralizado de fútbol profesional peruano.