Lionard Pajoy, se ha destacado con sus goles en el Cúcuta Deportivo a partir del año 2007, con el cual jugó la Copa Libertadores.
En enero de 2010 llegó como refuerzo al Deportivo Cali, pero en el mes de abril fue separado del equipo ante los malos resultados durante el Torneo Apertura, pese al poco tiempo compartió la delantera con Luis Muriel.
Luego, en el mes de junio, se creía que iba a llegar al Atlético Huila donde había jugado en el año 2005, pero acabó vinculado con Millonarios.
A mitad del año sale al exterior para jugar en el Tianjin Teda de China.
Sin embargo, Lionard Pajoy no se quedó en territorio asiático y regresó al Itagüí.
El 8 de febrero marca los cuatro goles en la victoria 4 a 2 sobre Sport Loreto en el Torneo del Inca 2015.