El club es uno de los equipos peruanos que cuenta con una sede institucional propia denominada Casa Dorada, ubicada en la urbanización Huancaro.
Durante el año 2010 fue campeón distrital, provincial, y departamental del Cuzco.
Sin embargo eliminaron a equipos importantes como el Deportivo Garcilaso, Cienciano y Universidad Técnica de Cajamarca.
En su grupo, quedó primero y accedió a la Etapa Nacional por segunda vez en su historia.
En la final, se coronó campeón en el Estadio Alberto Gallardo de Lima, tras caer 1-0 ante Pacífico FC y haber ganado 3-1 en Cuzco.
Culminó las 44 fechas con 82 puntos: 24 partidos ganados, 10 empates y 10 derrotas, quedando primero en la Liguilla B que le dio el derecho a jugar los Play-Off frente a Sporting Cristal.
Inició su participación en la Copa Libertadores 2013 en el grupo 6 junto con Cerro Porteño, Independiente Santa Fe y Deportes Tolima.
El equipo llegó a la última fecha con chances de ganar el título, debía que ganarle a Universidad San Martín; sin embargo empataron 2-2 mientras que Alianza Lima empató con Comerciantes Unidos 0-0.
La suerte no cambio en el Torneo Clausura donde se tenía que esperar un tropiezo en la última fecha de Alianza Lima; sin embargo esto no sucedió y el club fue, finalmente, subcampeón nacional.
Binacional, uno de los clubes que un principio perdió la categoría esa temporada, junto con demás clubes fueron al TAS a reclamar unas irregularidades en el partido de los cusqueños con Cienciano que la FPF dio por resultado 3-0 a favor de Cusco debido a una supuesta mala inscripción del futbolista Mathías Carpio.
[28] Entonces empezó su camino en la Liga 2 2022, donde haría una buena campaña llevándose primeramente el Torneo Apertura donde solo había perdido una vez en la primera fecha contra Unión Comercio 1-0 (principal rival que le daría pelea al título durante todo el campeonato), al final consigue dicho título al vencer 3-2 a Comerciantes Unidos en la última fecha.
Con estas obras, el equipo se integró al reducido número de clubes (Sporting Cristal y Universitario) que tiene un complejo deportivo propio.
[33][34][35] El escudo actual tiene de fondo la majestuosidad de Machu Picchu, el sol naciente que era una deidad del imperio inca y un anillo de oro donde se encuentra su nombre y se inspira en la grandeza del tawantinsuyu (nombre del imperio en quechua).
En su primer año en Primera División, Real Garcilaso tuvo entre sus filas al goleador del campeonato peruano.
[41] En su única participación en Segunda División, Cusco FC tuvo en sus filas al goleador del campeonato.