Después de ser entrenador interino varias veces, se fue al Sporting Cristal en 2003, como asistente.
Con esto logró acceder al cuadrangular final que se jugó ese año.
Tras la renuncia de Claudio Techera como técnico del Melgar, Flores fue llamado a ser el entrenador del equipo, donde estuvo hasta 2010, logrando estar en el puesto 8 con 58 puntos, no llegando a participar en algún torneo internacional.
[7][8] Finalizó la temporada en el puesto 10 del acumulado con 41 puntos, no llegando a participar en un torneo internacional.
En 2020 fue contratado por Credicoop San Cristóbal para participar en la Copa Perú 2020, que fue cancelado debido a la pandemia de coronavirus.