[3] Participó en el Campeonato Regional del Centro de 1991 con poco éxito, pues apenas logró 9 puntos,[4] y por la reducción de equipos para la siguiente temporada, no lograría su clasificación al Campeonato Descentralizado 1992, perdiendo la categoría y retornando a la Copa Perú.Copa Perú 2010 Los azulgranas llegarían solo hasta la Etapa Regional, donde quedó segundo en su grupo por detrás de ADT, equipo que clasificó.Su mejor campaña fue en la Copa Perú 2011, donde Alianza Universidad empezó a jugar desde la Etapa Departamental, donde fue campeón.En la Segunda División Peruana 2012, Alianza Universidad en su primera temporada en esta categoría quedó en el quinto puesto.En 2019 debutó en la Liga 1 2019 con un empate 0-0 frente a la Academia Cantolao de local y terminó su participación con una derrota de local 0-1 frente a la Universidad César Vallejo, finalizando en el puesto 12.º en la tabla acumulada, la campaña en general fue regular.Tras la vuelta del fútbol, el cuadro azulgrana no se pudo recuperar y quedaron en el puesto 10 con 37 puntos, que dejaron al equipo fuera de toda competición internacional.Alianza Universidad perdió la categoría en la última fecha tras caer 1-2 frente a Ayacucho FC, finalizando como colista del torneo con apenas 23 puntos.Ya en el torneo clausura se levantaría logrando diecinueve puntos y cinco victorias.El rival que le esperaba en dicha definición por el ascenso fueron Los Chankas donde tras ganar 3-1 en Huánuco y perder también con ese mismo resultado en Andahuaylas tuvieron que definir al ascendido desde el punto penal, lamentablemente el cuadro huanuqueño perdería 3-2 en dicha tanda y de esa forma se les escapa el ascenso «por un pelo».El rival a quien le tocó enfrentar en la gran final por el campeonato de la Liga 2 fue Juan Pablo II College.Tuvo sus momentos más gloriosos por los años noventa, cuando ahí se jugaba el Campeonato Descentralizado de fútbol profesional peruano.
