El club es uno de los equipos peruanos que cuenta con una sede institucional propia denominada Casa Dorada, ubicada en la urbanización Huancaro.

Sin embargo eliminaron a equipos importantes como el Deportivo Garcilaso, Cienciano y Universidad Técnica de Cajamarca.

En la final, se coronó campeón en el Estadio Alberto Gallardo de Lima, tras caer 1-0 ante Pacífico FC y haber ganado 3-1 en Cuzco.

Inició su participación en la Copa Libertadores 2013 en el grupo 6 junto con Cerro Porteño, Independiente Santa Fe y Deportes Tolima.

[25]​ Para la Copa Libertadores 2014 quedó emparejado en el Grupo 5 junto a Defensor Sporting, Cruzeiro y la Universidad de Chile iniciando con una victoria 2-1 ante Cruzeiro siendo esta una hazaña que no pudieron lograron repetir en sus siguientes partidos al final con solo 3 puntos fueron eliminados, todos sus partidos los jugó en la ciudad de Huancayo.

Se jugó una definición por el tercer puesto entre Real Garcilaso y la Universidad César Vallejo para determinar quien clasificaba a la fase preliminar de la Copa Libertadores y a la primera fase de la Copa Sudamericana; el equipo cuzqueño finalmente cae 0-4 en el global y de esa forma se debía conformar con la Copa Sudamericana.

Tras acabar como subcampeón del Campeonato Descentralizado 2017, el club es ubicado en el Grupo F de la Copa Libertadores 2018, compartiéndolo con Santos, Estudiantes (LP) y el ganador de la Fase 3 (Nacional); tendría una campaña irregular en esta edición del torneo, ganando apenas un partido (2-0 contra Santos de local) y cosechando 3 empates, finalizando como colista del grupo con 6 puntos.

Ya en la Primera División, que desde aquel año pasaría a llamarse Liga 1 2019, culminaron el Torneo Apertura en la sexta casilla, mientras que en el Torneo Clausura en la undécima casilla, clasificarían ajustadamente a la Copa Sudamericana desde la séptima posición del acumulado.

[26]​ Su primera participación internacional bajo este nombre seria la Copa Sudamericana 2019, donde su rival fue el Audax Italiano de Chile, rival con el cual caería con un global 2-3 en su contra tras ganar 2-0 en la ida y caer 0-3 de visita, quedando eliminado tempranamente del torneo.

Volviendo a la Liga 1 2020, tras la vuelta por la pandemia el cuadro cuzqueño haría una pobre campaña en la Fase 1 tras finalizar en la casilla decimoquinta, pero lograría recuperarse un poco en la Liguilla B de la Fase 2 tras culminar cuarto, sin embargo, no seria suficiente para clasificar a un torneo internacional en la tabla acumulada.

En la Liga 1 2021, se confirmó su descenso a la Segunda División, aquel año haría la peor campaña en lo que va de su historia; en la Fase 1 de la Liguilla B quedarían séptimos donde cosecharían apenas 8 puntos en 9 partidos jugados, en la Fase 2 la historia seria similar aunque intentaron levantarse en las fechas finales.

No obstante, Binacional y la Universidad San Martín, clubes que un principio perdieron la categoría esa temporada, fueron al TAS tras verse como terceros afectados en unas irregularidades en el partido de los cusqueños con Cienciano que la FPF dio por resultado 3-0 a favor de Cusco debido a una supuesta mala inscripción del futbolista Mathías Carpio.

[28]​ Entonces empezó su camino en la Liga 2 2022 bajo la conducción del uruguayo Pablo Peirano, donde haría una excelente campaña llevándose primeramente el Torneo Apertura donde solo había perdido una vez en la primera fecha contra Unión Comercio 1-0 (principal rival que le daría pelea al título durante todo el campeonato), al final consigue dicho título al vencer 3-2 a Comerciantes Unidos en la última fecha.

[29]​[30]​ Así es como, tras una temporada de ausencia, el cuadro imperial volvía a decir presente en la máxima categoría.

En la Liga 1 2023 empezaría con buen ritmo luchando los primeros puestos, culminando en la cuarta posición del Torneo Apertura.

En el Torneo Apertura se mantuvo entre los primeros 10 lugares, culminando en la quinta posición de la misma.

Con estas obras, el equipo se integró al reducido número de clubes (Sporting Cristal y Universitario) que tiene un complejo deportivo propio.

En su primer año en Primera División, Real Garcilaso tuvo entre sus filas al goleador del campeonato peruano.

[41]​ En su única participación en Segunda División, Cusco FC tuvo en sus filas al goleador del campeonato.