[8]​ La historia del fútbol en Bolívar se remonta al año 1940 con la fundación y reconocimiento de la liga por los organismos deportivos.

Viajaron de Bucaramanga a vincularse a su nuevo equipo: Gilberto “Burro” Centeno, Antonio Duque, Misael “Papo” Flórez, Germán “Remache” Garcés, Jorge Lastra, Julián Martínez, Ignacio “Centavito” Pacheco, Adolfo Riquelme, Orlando Soto y José Omar Verdún, como entrenador.

Completaron la nómina los nacionales Herman “Cuca” Aceros, Edison Angulo, Edison Carabalí, Raúl “Ratón“ Macías, Gustavo “Chancha” Ramírez, Julio César Ramírez, Mauro Vásquez, los uruguayos Julio Brucessi y Carlos Tejera y el veterano paraguayo Pedro “Pollo” Díaz.

[11]​[16]​ En 1972, el Atlético Bucaramanga ya había logrado poner en normalidad su situación económica, por lo que regresó al Campeonato de primera división en reemplazo del Real Cartagena.

[cita requerida] En 1991, el torneo de segunda división aficionada desapareció y se creó la categoría Primera C en el fútbol colombiano.

El nuevo presidente Eduardo Pardo Porte, tomó las riendas del equipo e inició su gestión a principios de 1992.

La campaña quedó resumida en tres empates y cinco derrotas, para terminar en el último lugar con 10 puntos.

Entre los jugadores de ese año estuvieron: Faryd Mondragón, Oswaldo Mackenzie, Sergio Merlini, Bigú Mosquera, Alex de Alba, Harold Freyle, Miller Cuesta, Martín Caicedo, Watusi Lozano, "pototo" Gil, Robin Pico, "la Bala" Osorio, Melquicedeth Navarro, Roberto Granados, Alfredo Doria, William Rico, Hernando Mercado, "el Oso" Arévalo y "Rambo" Sossa.

[25]​ Este siguiente año todos los directivos que habían comprado el equipo decidieron dejarlo a la deriva; el único que quedó fue el Capitán Pablo Galindo, quien, arriesgando el patrimonio propio, mantuvo el equipo por siete años en la Primera B, desde 1993 hasta su ascenso en 1999.

Llegaron muchos técnicos como Carlos "Papi" Peña en 1993, Daniel Silguero en 1994,[26]​ Álvaro Angulo Carrasquilla en 1995,[27]​ Eduardo Julián Retat en 1995-96, Héctor Javier Céspedes en 1996-97,[28]​ y José Iber Grueso en 1997 y 1998,[29]​ los cuales no lograron el ascenso del equipo.

[31]​[32]​[33]​ Posteriormente apareció un socio, Mauricio Idarraga, y el equipo recibió el apoyo económico del América de Cali, que lo utilizó como filial en la Primera B y contrataron a Hernán Darío Herrera, con el cual el Real Cartagena ascendió, ganando el campeonato de la Primera B, en 1999,[34]​ con jugadores propiedad del América de Cali como David Ferreira, Sandro Zuluaga, Óscar Villarreal, Jorge Banguero, Luis Asprilla, Oscar García, y Cristian Montero.

[46]​[47]​ Entre los que hicieron parte de ese equipo se encontraban Yovanny Arrechea (goleador del equipo con 25 tantos), Paulo César Arango, Frank Pacheco, Carlos Valdés, Pedro Tavima, Gabriel Antero, Diego Gamboa, Reynaldo Alegría, Roberto Camargo y Sandro Zuluaga.

[55]​ Asimismo, el presidente del Real Cartagena, Rodrigo Rendón, envió una carta a la Revista Semana detallando varias inconsistencias en el texto periodístico.

Posteriormente y gracias a las taquillas conseguidas, el equipo orientado por Hernán Darío Herrera, se reforzó y clasificó entre los ocho mejores del Torneo Finalización,[60]​[61]​[62]​ en los cuadrangulares quedó primero de su grupo superando a Independiente Medellín, Santa Fe y Deportivo Pereira,[63]​ luego llegó a la final quedando subcampeón por primera vez en su corta historia, perdiendo la final contra el Deportivo Cali.

[67]​[68]​ En la temporada siguiente, la 2006,[69]​ el Real Cartagena fue dirigido por Álvaro de Jesús Gómez, quien fue reemplazado por Néstor Otero.

[71]​[72]​ Real, en la temporada 2007,[73]​ fue orientado por Walter Aristizábal, que armó un equipo considerable para ganar el torneo, con jugadores como Fabián Carabali, Keneddy Hurtado, Jorge Rojas, Harold Macías, Ayron del Valle, entre otros.

En la primera etapa se jugaron 18 fechas bajo el sistema de todos contra todos, al término de los cuales los cuatro primeros avanzaron a semifinales donde se enfrentaron en partidos ida y vuelta.

Los vencedores clasificaron a la gran final y el ganador obtuvo el primer título del año y un cupo a la Copa Libertadores 2011, el equipo heroico lidero por varias fechas el campeonato pero al final quedó noveno con 28 puntos.

Los malos resultados, las malas administraciones, situaciones extra deportivas, la censura a futbolistas y periodistas, y las imprecisiones de Rodrigo Alejandro Rendón, principal dirigente del equipo durante todos estos años, llevaron a que el equipo no hubiera podido remontar en la parte deportiva, lo que le costó el descenso directo en el 2012[92]​ con tan solo 117 puntos, de 321 posibles, para un promedio de rendimiento del 36.44% que alcanzó Real Cartagena durante sus últimos tres años 2010,[93]​ 2011[94]​ y 2012) en la Liga Colombiana.

El 4 de noviembre del 2012 en la hinchada se reflejaba tristeza, rabia e indignación durante el partido Real Cartagena vs La Equidad, cuando el equipo perdió 2 a 0,[95]​[96]​ y que de paso con ese resultado mandaba al onceno auriverde a la segunda división.

En el Primer semestre, se estructuró un equipo con jugadores que no funcionaron bajo el sistema de juego planteado por el técnico Mario Vanemerak, y que en el transcurso del año Germán 'Basílico' González y Hubert Bodhert no pudieron mejorarlo.

Además de esto hubo veto por parte del Club a jugadores como Rafael Pérez y José Nájera (quien debió volver a jugar con Real para poder recibir sus derechos deportivos) y a periodistas que denunciaron las actuaciones irregulares de las directivas en cabeza de Rendón al cual exigen que debe dar un paso al costado.

En 2020, Real Cartagena firmó un convenio con la agencia de representación de jugadores barranquillera Colombiagol, por la cual los jugadores juveniles representados por dicha agencia, integrarían la plantilla del equipo profesional en la Primera B 2020,[109]​ situación con la que no estuvieron de acuerdo el director deportivo Richard Parra y el director técnico Milton García, quienes renunciaron,[110]​[111]​ y fueron remplazados por Nilton Bernal.

Sin embargo, desde agosto se empezó a especular con una posible venta del equipo, tras cambios en la junta directiva.

[117]​ Durante los años 2003 y 2004[118]​ en la Categoría Primera B su rival era Expreso Rojo, en el año 2005 este equipo se trasladó de ciudad.

[4]​ En la temporada 2005-II, el Real Cartagena fue el mejor equipo local, ya que de 39 puntos posibles obtuvo 33, con solamente dos derrotas.