Fue fundado en 1935 y actualmente juega en la Copa Perú.
Retornó a una Etapa Nacional en la Copa Perú 2016 tras ser subcampeón departamental.
Luego de finalizada la primera fase Deportivo Maldonado sólo obtuvo un empate en seis partidos y quedó eliminado.
Fue campeón distrital tras vencer 2-1 en la final a Minsa.
[1] En este torneo hicieron jugar a un chico de 12 años que fue clave para ganar el título.