Tiene sede en el Cuzco, Perú y puede ser considerado entre los más antiguos del continente americano (1598).

El seminario tomó asiento en el local del antiguo Amaru Qhata en la actual Plazoleta de las Nazarenas[1]​.

Sostenidas por las diversas provincias que en aquel entonces pertenecían a la diócesis: Cuzco, Huamanga, Huancavelica, Arequipa, Camaná, Carabaya y Arica.

En 1601, el obispo Raya junto a los superiores de las diversas órdenes religiosas y los vecinos notables de la ciudad, hicieron una petición al Rey para crear una Universidad teniendo como fundamento el Colegio Seminario.

En 1603, el Obispo concedió al seminario sus primeras Constituciones y encomendó su regencia a la Compañía de Jesús, sin embargo esta presencia no fue prolongada por la oposición del Cabildo catedralicio y los siguientes prelados[2]​.