Dotó a la catedral de coro y retablos tallados, óleos, imágenes y joyas que hasta hoy constituyen su riqueza.
Hizo construir los templos de San Pedro y La Almudena, donde funcionó el Hospital de la Almudena.
Logró que el antiguo Seminario de San Antonio Abad fuera elevado a la categoría de universidad (1692), y además, llevó a cabo una fecunda labor de restauración y ornato en iglesias y capillas de su jurisdicción.
Mollinedo consiguió movilizar el fervor de las élites criollas, así como de los caciques y las masas indígenas, con el propósito de otorgar una renovada magnificencia al culto religioso.
Prueba de la predilección que Mollinedo dispensaba a la pintura es la importante colección que este llevaba consigo al tomar posesión de la silla episcopal.