La Iglesia católica se organizó territorialmente en diócesis agrupadas en provincias eclesiásticas encabezadas por arquidiócesis durante el dominio de los reyes de España en las Indias (América y las Filipinas).
Quedaron bajo autorización real la construcción de iglesias, catedrales, conventos, hospitales, la concesión de obispados, arzobispados, dignidades, beneficios y otros cargos eclesiásticos.
Desde 1504 Fonseca fue parte del Consejo de Castilla hasta que en 1523 fue creado el Real y Supremo Consejo de Indias, que se organizó en 1524.
A este consejo le correspondía ejercer y proponer al rey el derecho de presentación de los obispos; dividir y establecer los límites de las diócesis que el papa le encomendaba al rey; revisar las bulas papales destinadas a Indias y si estaban conformes les da exequatur o pase regio para que se cumplieran; examinar las disposiciones de la Iglesia en América y los sínodos, ya que estos no se cumplían sin la aprobación del Consejo de Indias.
[3] En 1524 el papa Clemente VII aceptó un pedido del rey y creó el patriarcado de las Indias Occidentales, aunque con potestades muy restringidas.
[5] Por medio de la bula Illius fulciti praesidio del 15 de noviembre de 1504, el papa Julio II erigió en la isla La Española la: Las tres diócesis tenían cabecera en tres de los cinco grandes cacicazgos taínos de La Española: Higüey, Marién, y Maguá, pero la bula no se ejecutó por oposición del rey, a quien el papa no le había aun confirmado el patronato en los términos que deseaba.
En 1519 la diócesis de Puerto Rico fue ampliada a pedido del rey para incluir las islas de Barlovento desde las islas Vírgenes hasta Dominica inclusive.
El segundo obispo, Alessandro Geraldini, llegó a la isla en 1519.
Jorge de Priego fue nombrado obispo, pero la diócesis no se estableció.
La ocupación de la península, que se pensaba era una isla o parte del Yucatán, fracasó y el obispo no pudo sostener la diócesis, que fue suprimida.
El papa León X mediante la bula Pastoralis officii debitum del 9 de septiembre de 1513 creó la primera diócesis en tierras continentales en Santa María la Antigua del Darién.
Debido a informes erróneos el papa supuso que allí existía una ciudad llamada Carolina, pero el territorio no fue ocupado por los españoles y la diócesis no se pudo establecer.
[17] En 1527 Clemente VII erigió la diócesis de Honduras sin establecer su sede.
La diócesis fue establecida en 1528, y una vez restauradas las relaciones el papa Clemente VII la erigió canónicamente con la bula Sacri Apostolorum ministerio el 2 de septiembre de 1530.
La diócesis del Cuzco (Cuschensis, hoy Cusco) fue erigida por el papa Paulo III el 13 de enero de 1536 en los territorios recién conquistados del Imperio inca mediante la bula Illius fulti praesidio.
Sin embargo, esta diócesis no llegó a erigirse.
El 16 de diciembre de 1743 mediante la bula Ad supremum catholicae del papa Benedicto XIV, Guatemala fue elevada a arquidiócesis metropolitana, pasando a ser sus sufragáneas las diócesis de León en Nicaragua, Comayagua y Chiapas.
La abadía nullius de Jamaica fue abandonada en 1650 al caer la isla en manos inglesas y suprimida en 1655.
Santiago de Cuba pasó a ser arquidiócesis en 1803.