[3]​ Estas pretensiones contrapuestas de ejercer el mismo derecho dificultaron que la Santa Sede nombrara obispos en las nuevas repúblicas.

[3]​ La Asamblea Constituyente de Centroamérica se pronunció sobre el tema, estableciendo que era la nación centroamericana la que tenía derecho a presentar las diócesis, y no los estados federados individualmente, aunque dejó la posibilidad de negociar los nombramientos con la Santa Sede.

[4]​[5]​ Durante la toma de posesión, que Delgado retrasó un año aduciendo compromisos en el Congreso, la iglesia parroquial de la ciudad fue consagrada como catedral,[6]​ y "se cantó una misa solemne a cargo del diputado presbítero Pablo María Sagastume".

[5]​ Cañas e Isidro Menéndez habían sido solicitados por Delgado para tomar la importante decisión de aceptar el cargo.

[5]​ Además, informó a la Santa Sede sobre el asunto,[10]​ añadiendo que Delgado “con la ayuda de un contingente militar y doscientos residentes” había intimidado al Congreso.

[12]​ Esta reacción del arzobispo guatemalteco implicó una ruptura tácita entre El Salvador y Guatemala.

[4]​ Las medidas tomadas por Casaús estaban perfectamente alineadas con las disposiciones del derecho canónico, sin embargo su anterior oposición a la independencia centroamericana hizo creer a sus detractores que simplemente intentaba obstaculizar la independencia salvadoreña.

[13]​ Menéndez justificó también el ejercicio del patronazgo por parte de las nuevas repúblicas, ya que: «el rey no fundaba ni sostenía con su propio dinero dichas iglesias y beneficios; lo hizo con los ingresos de la nación... Bueno, en la federación centroamericana ¿quién construye, quién sustenta los beneficios?

[15]​ Esta decisión fue la respuesta a la asamblea guatemalteca que había tomado la misma medida el 27 de octubre del año anterior.

El arzobispo tampoco permitió que Delgado, de tendencia liberal, se convirtiera en obispo.

[12]​ Sin embargo, el Senado federal sostuvo la opinión contraria: desaprobó el decreto del Congreso en la parte relativa a José Matías Delgado, y autorizó su elección porque los estados tenían "plenos poderes para la erección de diócesis y la designación de obispos".

[12]​ Meléndez Chaverri afirma que esta resolución no tuvo efecto debido al retraso tanto por parte del Senado como por parte de Manuel José de Arce y Fagoaga, quien no quiso comprometerse a implementarla.