[31]​[32]​ El historiador judío Flavio Josefo (37-100 d. C.) mencionó a Juan el Bautista en sus Antigüedades judías (libro XVIII, capítulo 5, 2), afirmando que fue decapitado por orden de Herodes Antipas e indicando que esto tuvo lugar en la fortaleza de Maqueronte.

La primera referencia conocida a este pasaje se puede encontrar en el siglo III, cuando fue citada por Orígenes en la obra Contra Celsum.

Según Josefo, el bautismo de Juan para aquellas almas que ya se hayan «purificado anteriormente por la rectitud» es para la purificación del cuerpo, y no para el perdón de los pecados, como se dice en Marcos 1:4.

La hija preguntó a su madre, la cual le dijo que pidiera la cabeza de Juan el Bautista.

Aunque reacio, Antipas ordenó la decapitación de Juan, y su cabeza le fue entregada a Salomé en un plato.

Los discípulos de Juan tomaron el cuerpo y lo enterraron en una tumba (Marcos 6:17-29).

[44]​ Mateo no se centra en Herodes Antipas, sino en Juan como el precursor de Jesús.

Se ha afirmado que quizás este evangelio definiese a Isabel como estéril por haber pasado ya la menopausia.

Un día en que su clase estaba de turno y Zacarías ejercía la función sacerdotal delante de Dios, le tocó en suerte, según la costumbre litúrgica, entrar en el Santuario del Señor para quemar el incienso.

[50]​ Geza Vermes ha dicho que es «sin duda una creación artificial de Lucas».

[53]​ Según algunos estudiosos, es evidente que Juan es el «testigo y confesor por excelencia», sobre todo si se compara con figuras como la de Nicodemo.

En los de Marcos y Lucas, Jesús ve el cielo abierto y oye una voz que le aborda personalmente diciendo «Tú eres mi hijo querido, mi predilecto».

Esta misma misión general, cumplir unidas ambas profecías, vista como una, fue definida en general por los esenios para ellos mismos, según la Regla de la Comunidad (1QS VIII 13-14; 4Q259 III 3-6), encontrada entre los Manuscritos del Mar Muerto y datada entre los años 100 y 75 a. C. También la liturgia bautismal esenia (4Q14) pudo haber servido de inspiración a Juan.

Tradicionalmente se ha dicho que san Juan Bautista está enterrado en la mezquita de Nabi Yahya, en Sebastia (Palestina), y se mencionó que sus reliquias eran veneradas ahí en el siglo IV.

La tumba de Sebastia siguió siendo visitada por peregrinos y san Jerónimo mencionó que allí se producían milagros.

Es posible, con el permiso de los monjes, ver la tumba donde, supuestamente, están sus restos.

[63]​[64]​ En la actualidad, los restos se encuentran en un relicario en la iglesia de San Cirilo y Metodio, en Sozopol.

En Lucas 1:77 se dice que Juan estaba para anunciar «a su pueblo la salvación por el perdón de los pecados».

Hay varios pasajes del Antiguo Testamento que son considerados profecías sobre Juan el Bautista por los cristianos.

Jesús respondió: -Elías tiene que venir a restablecer nuevamente el orden de todas las cosas.

Pero les aseguro que Elías ya vino, no lo reconocieron y lo maltrataron.

Tenemos que llevar una respuesta a quienes nos enviaron; ¿qué dices de ti?

Respondió: En el primer judaísmo cristiano (gnóstico, de acuerdo con Epifanio de Salamina en su Panarion, parte 30) los ebionitas sostenían que Juan, Jesús y Santiago (todos ellos venerados) eran vegetarianos.

Los mormones creen que el ministerio de Juan fue profetizado a dos profetas cuyas enseñanzas están incluidas en el Libro de Mormón: Lehi[80]​ y su hijo Nephi.

[81]​[82]​ Juan también es venerado como profeta en el islam, donde es llamado Yaḥyā ibn Zakarīyā (يحيى بن زكريا), que significa 'Juan, hijo de Zacarías'.

[83]​ Su padre, Zacarías, también se considera profeta en el islam y la tradición islámica mantiene que Juan fue uno de los profetas que Mahoma conoció en la noche de Mi'raj[84]​ en su ascensión a los Siete Cielos.

[88]​ El bahaísmo (o fe Bahá'í) considera a a Juan un profeta de Dios que, al igual que otros profetas, fue enviado para promover el conocimiento de Dios, para fomentar la unidad entre los pueblos del mundo y para mostrar a la gente la forma de vida correcta.

En su carta al papa Pío IX, Bahá'u'lláh escribió: El bahaísmo considera a Juan un profeta menor.

Por esta razón, san Juan Bautista es el patrono más antiguo de Puerto Rico.

[96]​ Por la tradición católica española, es patrón de varias ciudades de Filipinas, como Calamba (La Laguna), Calumpit (Bulacán), Balayán (Batangas), Lian (Batangas) y San Juan (Gran Manila).