En distinción a su padre, se lo conoció como el Hijo o el Joven.

En 1595 fue nombrado virrey de Perú, cargo que comenzó a desempeñar en junio del año siguiente.

Tras zarpar de Acapulco desembarcó en Paita, desde donde hizo el recorrido hacia Lima por tierra.

Durante su gestión, la Hacienda Real remitió a España un total de 11 112 008 ducados en dinero y metales finos.

Concluido su mandato, regresó a España donde se le confió la presidencia del Consejo de Indias.