Eran sus hermanos mayores Manuel,[2] Alonso,[3] Francisco[3], Antonio,[3] Diego, presbítero,[4] así como una hermana, única hembra, llamada Leonor,[3] y los menores, Álvaro[3] y Pedro.
[7] En su testamento, el marqués no cita a su hija Leonor como legítima, tal como se refiere a sus hijos Beatriz y Francisco.
Sin embargo, en 1565, a la muerte de su madre, heredó el mayorazgo de Gines (Sevilla), fundado por su abuela Leonor Manrique de Castro, y refundado por su madre, quien creara señoríos para sus tres hijos menores aún vivos, por lo que comenzó a llamarse Álvaro Manrique de Zúñiga y Sotomayor, de acuerdo a una cláusula del citado mayorazgo.
[19] El rey Felipe II, por correspondencia de 1587-1588, le da órdenes para el buen gobierno, informaciones sobre los fiscales de la audiencia, indios en servicio de los mineros, las flotas que van a Nueva España, etc.[20] El marqués de Villamanrique ordena en 1586 que en la sumisión de los indios chichimecas se respete el buen orden y que estos no se vendiesen como esclavos.
La ejecución de estas ordenanzas se había suspendido desde años atrás (estando en vigor en tiempos del virrey Martín Enríquez de Almansa).
[22][23][24] Por este periodo los saqueos y robos cometidos por los piratas corsarios sir Thomas Cavendish, sir Francis Drake y Walter Raleigh en las aguas del Virreinato de Nueva España continuaron.
Cavendish también capturó, el 15 de noviembre del mismo año el galeón que venía de Manila en aguas cercanas a la península de Baja California.
Las noticias exageradas de estas diferencias llegaron a la corte de España con cargos exagerados y la mayor parte injustos y se advertía que las injusticias y abusos del virrey marqués de Villamanrique producirían una guerra civil.
El obispo lo sentenció y ordenó el embargo de sus bienes libres (hasta la ropa blanca de la marquesa).
[38] Encontrado culpable de los cargos que se le imputaron, regresó a España deshonrado y arruinado.