En su interior se combinan construcciones de gran interés arquitectónico con otras muy sencillas de tipo doméstico, que se organizan en torno a amplios espacios vacíos destinados a patios, jardines o compases.

A finales del siglo XX el convento se vio sometido a numerosas obras de restauración y adaptación, entre las que destacan la apertura del museo conventual, el único instalado en una clausura sevillana.

Fue ejecutada por el escultor Pedro Millán con la colaboración del ceramista de origen italiano Francisco Niculoso Pisano, y en ella se combinan el ladrillo agramilado con los arcos apuntados, junto con alficez, flameros y medallones.

En el muro izquierdo se levanta el retablo de San Juan Evangelista, realizado por Alonso Cano en 1635, la figura del santo que preside el mismo, fue esculpida por Juan Martínez Montañés en 1637.

Por su parte, la sacristía conserva una interesante bóveda esquifada mudéjar, montada sobre trompas.

La zona de clausura cuenta con dos claustros, uno principal realizado por Diego López Bueno en el siglo XVII, cuando se amplía el convento a consecuencia del auge de la comunidad, haciendo de éste el claustro principal a costa del otro más pequeño, conocido como "patio viejo".

El perímetro del monasterio se destina para espacios auxiliares de menor entidad arquitectónica, tales como almacenes, lavaderos, ropería, algunas celdas dispersas, sin olvidar el antiguo noviciado, con estructura diferenciada de casa.