Posteriormente, se le concedió también el ducado de Béjar, y ambos ducados permanecieron juntos hasta bien entrado el siglo XIX, de tal manera que se llegó a pensar que formaban un mismo título.
A finales del siglo XIII, la guerra dinástica que estalla en Navarra y termina con la incorporación a Francia, hace que Iñigo Ortiz de Stúñiga (1255-1315), alférez mayor de Navarra, se refugie con su familia y algunos vasallos en La Rioja (1274), revirtiendo su señorío a la corona (1276), pero consiguiendo la protección de Alfonso X de Castilla, que le dona, entre otros, los dominios de Las Cuevas y Bañares.
A partir de este personaje las ramas del linaje se diseminarán por el País Vasco, La Rioja, Guadalajara y Andalucía.
A estas alturas de la historia, la base de su riqueza residía en su vinculación con la Mesta; en 1396 el linaje cambia Frías (Burgos) por Béjar, controlando las cañadas que circulaban entre Extremadura y Castilla la Vieja.
En sus capitulaciones matrimoniales se fijó que el primer apellido de los sucesores siempre fuese Zúñiga.
Por último, en cuanto a paisajismo, y siendo de los pocos jardines históricos que han llegado hasta nuestros días en España, los duques de Plasencia construyeron y crearon el parque del Bosque, en Béjar, antecedente del parque del Capricho, en Madrid, siguiendo las modas de los jardines renacentistas e ingleses que, en sus respectivas épocas, imperaban en Europa.