Así pues, firmadas las paces y nacido su hijo, en noviembre de 1361 regresa a Navarra tras diez años de ausencia, pero dejando en Francia a la reina, Juana, y al infante recién nacido, Carlos.

Ese mismo año, el rey de Francia, Carlos V, le había despojado definitivamete a su cuñado Carlos II de sus pertenencias en Mantes y Meulan.

[10]​ En agosto del año siguiente (1366), los infantes Carlos y Pedro pisan por primera vez suelo navarro.

Este último le apresó y ordenó el embargo de las posesiones navarras en Francia, salvándose solo el inexpugnable Cherburgo.

En el interrogatorio se descubrieron los planes del rey navarro para conseguir la villa de Logroño.

[21]​ En cualquier caso, la muerte sin descendencia de Juana frustró esa posibilidad.

[22]​ Entre sus reformas políticas sobresalen las ordenanzas de la Cort[23]​[24]​ o tribunal supremo en 1413.

Al principio de su reinado creó la orden del Lebrel Blanco, que llevaba la divisa «A Buena Fe» (Bonne foy).

El reino quedaba así ligado a la poderosa dinastía de Trastámara, pero con salvaguardas para su permanencia.

Tras los derroteros seguidos durante el anterior reinado de Carlos II, en los que el reino se vio inmerso en una dinámica de guerras continuas que exigieron aportaciones extraordinarias del reino para sufragar las empresas del monarca sobre el escenario continental europeo, inmerso en la Guerra de los Cien Años y a la que Navarra, con base en su situación geopolítica, no pudo escapar.