[4]​ Recibió su primera instrucción en Zaragoza, donde fue llevado hacia 1520, cuando contaba con 10 años de edad.

Allí tuvo como maestro al filósofo y matemático Gaspar Lax, conocido como el príncipe de la lógica,[5]​ Aunque de niño fue muy piadoso y deseó convertirse en monje, su familia lo mandó a la corte de su tío segundo el emperador Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico y en 1522 se encontraba en el palacio de Tordesillas para servir a su tía abuela, la reina Juana I, que estaba recluida ahí.

La propia emperatriz en ausencia del emperador y actuando con plenas facultades como regente, lo nombró Caballerizo Mayor suyo, como ya lo era su esposa, y elevó el título de la baronía de Llombay a marquesado.

[12]​ En ese mismo año, Carlos V lo nombró virrey de Cataluña cargo que desempeñó con gran eficiencia.

Por esos tiempos entró en contacto con algunos de los primeros jesuitas: los padres Pedro Fabro y Araoz.

Fue un gran bienhechor del Colegio Romano y fundó la Universidad de Gandía, el primero en recibir alumnos seglares.

[14]​ Ajustó cuentas con sus asuntos mundanos, renunció a sus títulos en favor de su primogénito, Carlos, e inmediatamente se le ofreció el título de cardenal.

Una de las tareas más delicadas de este gobierno fue negociar con el papa Pío V, quien deseaba reintroducir el oficio cantado (o rezo en coro) en la Compañía.

Ya lo había intentado de manera generalizada Pablo IV durante once meses entre 1558 y su muerte, lo que había prorrogado su sucesor y enemigo, el papa intermedio Pío IV.

Por este motivo, todos los jesuitas debían profesar tres votos solemnes hasta que Gregorio XIII (en diciembre de 1572) restauró la práctica original, tal como estaba en las Constituciones escritas por San Ignacio.

[cita requerida] Francisco de Borja fue canonizado en 1671, por el papa Clemente X.

Poco conocida es la pasión que el santo siempre sintió por la música y su espacio como compositor.

La obra más conocida, que se le atribuye, es “Visitatio sepulchri”, un drama litúrgico escrito en 1551, que representa los episodios del Entierro y la Resurrección de Cristo.