Directa descendiente, vía materna, de San Francisco de Borja; y, consiguientemente, descendiente en línea recta del papa Alejandro VI (Rodrigo Borja o Borgia).Después de la proclamación, se instaló en Lisboa con sus hijos, viviendo para su educación y tomando una postura activa en los asuntos políticos.Se vio así obligada a nombrar la llamada Junta Nocturna, por tener reuniones por la noche, con varios consejeros de su confianza.El sistema duró durante la regencia, siendo útil para la buena marcha de los asuntos públicos.[2] Esta victoria fue muy importante porque la derrota hubiera implicado la pérdida de Lisboa.Sin embargo no fue una batalla decisiva pues la firma de la paz entre España y Francia ese mismo año mediante el Tratado de los Pirineos, dejó a España sin compromisos militares y Portugal volvió a sentirse gravemente amenazada.El partido afecto a Alfonso VI se lanzó abiertamente en la lucha contra la reina regente, quien, sin embargo, decidió mantenerse en la regencia temiendo la desastrosa gestión de su hijo, que era mentalmente inestable.
