[1]​ Se vio enfrentado desde la muerte de su padre con su tío Íñigo López de Mendoza, señor de Miedes, que lo consideraba bastardo.

[2]​ No obstante, los reyes dieron todo su apoyo a Juan y éste pudo, con apenas dieciséis años, administrar su mayorazgo sin problemas legales.

[3]​ También dirimió el pleito sobre la posesión de Huelva, que por sentencia del rey Fernando el Católico, en 1505, se concedió a la casa de los Guzmanes, a cambio de lo cual el duque recibió diez cuentos de maravedíes.

[3]​ Durante la conquista de Navarra, participó con ochenta lanzas, y además fue miembro del Consejo Real.

[3]​ También asentó otros dos monasterios masculinos de franciscanos observantes (en El Puerto de Santa María y en Medinaceli) y uno femenino para las hermanas clarisas (en Medinaceli).