Tuvo por hermanos a:[1] Además, tuvo otros hermanos de padre, fruto del primer matrimonio de este con Mencía Manuel de Bragança y Noroña(1408-1504):[1] En su juventud, alrededor de 1544, tuvo una hija siendo soltera.
[Nota 1] El fruto de esta relación fue Isabel de Mendoza, que sería educada por los Mendoza, su familia paterna[2].
Arias Pardo era además sobrino del cardenal Tavera.
Tras enviudar en 1561, la priora del monasterio de la Encarnación en Ávila le envió para consolarla a Teresa de Jesús.
De su matrimonio con Ares Pardo de Saavedra, tuvo tres vástagos que no tendrían a su vez descendencia:[4] Además el matrimonio tendría otros tres hijos, muertos en la infancia: Fernando, Diego y Guiomar.