Esto se confirma cuando su hermana, Catalina, parte hacia Inglaterra a casarse con Carlos II sin apenas hablar inglés.

[2]​ Con alrededor de 3 años padece una "fiebre maligna" que le afecta al lado derecho del cuerpo; este hecho repercutirá en su vida en diversos aspectos políticos, familiares e incluso sexuales.

[4]​ Juan IV pocos años antes de fallecer decide cederle al infante Pedro (futuro Pedro II) un vasto patrimonio de señoríos, la mayoría usurpados a los nobles contrarios a la Restauración que habían salido hacia España.

[5]​ Sin embargo, otros historiadores interpretan esta medida de forma diferente: dada la debilidad de la monarquía portuguesa, que ni tan siquiera estaba reconocida internacionalmente así como la inseguridad producida por la incapacidad del heredero,[5]​ incluso para tener descendencia, esta medida ponía en manos de la familia real un vasto patrimonio que garantizaba su importancia señorial.

Sin embargo, la rivalidad entre Pedro Vieira da Silva y Francisco de Faro dificulta la regencia y Luisa de Guzmán se ve obligada a nombrar una "Junta Nocturna" conocida así por reunirse por las noches.

[7]​ Con 13 años, según narra Veríssimo Serrão,[3]​ se divertía observando desde una ventana del palacio real cómo jugaban los niños pobres, sobre todo se divertía viéndolos luchar y no dudaba en aplaudir a sus favoritos.

Este astuto genovés se supo ganar al joven monarca aplaudiendo a los favoritos de este y regalándole baratijas siempre que el rey baja al patio a hablar con él.

El monarca también le concede una capilla cuyo rendimiento se acercaba a los 1000 cruzados.

[3]​ Aparecen en ese momento en la vida del joven rey dos jóvenes cortesanos que le hacen recuperar las amistades perdidas.

Como afirma Veríssimo Serrão "no [se acercaron a Alfonso VI] porque le conviniese esa vida escandalosa sino porque sentían que podían obtener el favor real una vez que tomaran el poder.

Se enfrentaron los portugueses a los españoles en cinco ocasiones durante esta guerra, siempre en minoría.

También se supo que el rey de España iba a dirigir un poderoso ejército desde Mérida.

Debido a la peste, hubo alrededor de 300 muertos al día y los portugueses tuvieron que resistir duros bombardeos.

[13]​ Para alcanzar el poder, los argumentos de Alfonso fueron dos: la búsqueda de medios para enfrentar la amenaza que Castilla representaba y evitarle a su madre el "trabajo continuo" del que era responsable como regente.

En una carta a su hija Catarina, reina de Inglaterra, define lo que sucedió como una conspiración.

Cuando regresa a Portugal, pelea en defensa de Minho, resultando gravemente herido.

[17]​ Luego vino el tratado anglo-portugués de 1661, que tenía como objetivo el apoyo mutuo entre Portugal e Inglaterra y, en virtud del tratado, la princesa portuguesa se propone en matrimonio con Carlos II de Inglaterra, quien lo acepta.

Después de un tratado ratificado por el rey Juan IV, las hostilidades cesaron durante 10 años.

[21]​ La independencia portuguesa representaba una espada de doble filo para la Santa Sede,[22]​ ya que la Iglesia no tenía nada contra la emancipación portuguesa, pero tampoco podía reconocerla debido a la influencia política de España.

Este fue sin duda el campo de acción más difícil para los diplomáticos portugueses.

Solo con la paz con España, el papa Clemente IX cambió la actitud romana hacia las pretensiones espirituales de Alfonso VI y reconoció a Portugal como un país independiente.

El declive de Portugal era inevitable, con un rey tan débil que todo se sacrificaba por la quietud del espíritu y sus comodidades.

Los españoles, ya cansados de tanta lucha, comenzaron a trabajar por la paz, que el conde de Castelo Melhor solo quería aceptar con las condiciones a las que tenía derecho nuestra constante supremacía militar.

Así que el conde exigió que España nos diera una porción de su propio territorio, él quería Galicia, y ciertamente lo haría si las intrigas de la corte no lo hubieran precipitado del poder».

En 1663, se produjo un peligroso motín en Lisboa ante la pérdida de Évora y otras tierras alentejanas, lo que inquietó a la corte.

Luego, en el mismo año, tuvo lugar la tercera batalla de este reinado, en Ameixial, junto a Estremoz, comandada por D. Sancho Manuel.

Todos eran elementos vinculados al «partido francés», victoriosos sobre la facción «inglesa» dirigida por Castelo Melhor.

Su muerte creó sospechas de envenenamiento, cuando fue depuesto por su hermano Pedro II, quien luego se casaría con su esposa.