Su esposa, Luisa Francisca de Guzmán, lo impulsó a ocupar el trono portugués: una poderosa revolución y conspiración dirigida por Juan sustrajo a Portugal, en 1640, de la unión dinástica aeque principaliter bajo la Casa de Habsburgo que lo integraba al inmenso Imperio español.

Y al día siguiente fue proclamado rey con el nombre de Juan IV de Portugal por el pueblo, confirmado luego por las Cortes Portuguesas.

También fue el séptimo marqués de Vila Viçosa y el conde de Barcelos, Guimarães, Arraiolos, Ourém y Neiva, y también el decimocuarto agente de Portugal.

Como rey de Portugal, en latín se intitulaba como:

Dei gratia rex Portugaliæ & Algarbiorum citra ultraque mare in Africa, dominus Guineæ, atque expugnationis, navigationis, & commercii Æthiopiæ, Arabiæ, Persiæ, & Indiæ, &c En portugués: Pela Graça de Deus, Rei de Portugal e dos Algarves, d'Aquém e d'Além-Mar em África, Senhor da Guiné e da Conquista, Navegação e Comércio da Etiópia, Arábia, Pérsia e Índia, etc.