[40]​ Especial inquina hacia los Habsburgo mostraba la Orden jesuita, que había tenido varios conflictos con la Corona y Castilla desde el comienzo de la unión.

[22]​ Existía un claro hartazgo de la presión fiscal que debían soportar los portugueses y el pueblo comenzaba a manifestarse en las calles.

[54]​ Estos movimientos se propagaron por otras regiones del reino, con la intención de deponer la dinastía filipina y entronizar nuevamente una portuguesa.

Se realizan importantes solicitudes de soldados que debían marchar hacia Cataluña, a costa del tesoro portugués.

[37]​ La alta nobleza, los llamados fidalgos, principales ostentadores de señoríos en Portugal, permanecieron en conjunto fieles a Felipe IV o terminaron exiliándose.

[71]​ Los rebeldes lo presentaron como una restauración de lo que consideraban el orden legítimo frente al tiránico y extranjero representado por los Austrias españoles.

[104]​ Las advertencias a estas para que se mantuviesen fieles al rey Felipe, sin embargo, en general no surtieron efecto.

[127]​ En el Alentejo, las principales poblaciones que se fortificaron fueron Évora, Campomayor, Jurumeña, Ouguela, Elvas, Estremoz, Monsaraz, Olivenza, Beja, Moura y Serpa.

[133]​ La principal desventaja se hallaba en la caballería, normalmente inferior en número a la enemiga, debilidad especialmente grave en la zona del Alentejo, por ser llana.

[187]​ Felipe IV no podía reunir dos grandes ejércitos para combatir simultáneamente en Cataluña y Portugal, lo que benefició a los portugueses, carentes al comienzo del alzamiento de tropas adecuadas o fortificaciones fronterizas que hubiesen podido detener una acción decidida de los Habsburgo si estos hubiesen optado por dar prioridad al frente portugués.

[209]​ Inglaterra estaba, en ese momento, envuelta en su propia guerra civil, en la que Portugal tomó partido por el bando realista aportando armas.

[60]​[211]​ Los portugueses reconocían los asentamientos ingleses en Guinea, obtenían dos años de plazo para decidir si concedían privilegios comerciales a Londres en Brasil y prorrogaban la tregua vigente en la India.

[246]​ El tratado supuso en la práctica la cesión de buena parte del comercio portugués a la pujante marina mercante inglesa.

[234]​ En contrapartida Portugal recibió la necesaria ayuda militar en su conflicto con España,[247]​ tanto en la península ibérica como en las colonias, y colaboración diplomática.

[293]​[294]​ El sector del Alentejo-Extremadura tenía los centros de mando en Elvas —el portugués, hasta que en 1661 se mudó a Estremoz— y Badajoz —el español—.

[335]​ En julio de 1641, fracasó una conjura que pretendía dar un contragolpe en Lisboa, asesinar[336]​ al rey Juan y devolver el poder a la virreina.

[345]​[202]​ Para cuando la flota llegó ante Cádiz, sin embargo, la zona había sido reforzada, el duque detenido y no se produjo la esperada rebelión que debían apoyar las tropas embarcadas.

[395]​ Los neerlandeses, por su parte, acudieron al congreso en 1646, pero para comienzos de 1647 ya habían alcanzado un acuerdo preliminar con la corte madrileña y con ello su apoyo a los portugueses, con quienes seguían disputándose los territorios brasileños menguó.

[311]​ El sufragar los gastos del ejército suponía una gran carga para la región que debía soportar, por añadidura, los abusos de la tropa.

[413]​ Pese a las actividades ilegales de estas bandas, resultaban fundamentales para la defensa fronteriza, dada la ineficacia del ejército regular.

[426]​ Los ingresos no permitían siquiera mantener las guarniciones existentes, menos aún pensar en campañas ofensivas y la necesidad de evitar el descontento era fundamental.

[470]​[471]​ Los doce mil hombres que había traído a socorrer Badajoz quedaron en la mitad en apenas un mes, por las grandes deserciones de los milicianos, reclutados apresuradamente durante el verano.

[473]​ Pese al desbaratamiento del sitio, este costó siete mil bajas a los encerrados en la plaza, entre soldados y civiles.

[476]​ Portugal solicitó la mediación del rey francés para poner fin al conflicto, pero Felipe IV rechazó todas las propuestas de concertación que se le hicieron.

[239]​ El alto mando español planeaba traspasar parte del ejército de Flandes y Milán al frente portugués para contar con fuerzas veteranas que pudiesen poner fin a la larga contienda mediante una invasión.

[487]​ Las relaciones del contingente británico con la tropa y la población portuguesa fueron tirantes desde el comienzo, en parte por el comportamiento de las tropas francesas (setecientos cincuenta hombres al mando del hugonote Federico de Schomberg) que había indispuesto a la población contra los extranjeros y en parte por las diferencias religiosas, ya que los británicos eran protestantes.

[368]​ La toma, sin embargo, desbarató la trashumancia de los rebaños hacia Extremadura e hizo que los españoles evacuasen algunos lugares como Arronches.

[544]​[534]​ De hecho, Portugal había firmado una alianza con Francia en marzo, que hizo a Madrid temer un ataque naval conjunto franco-portugués.

[550]​ Portugal consiguió con la dilatada guerra la restauración la independencia de España y demostró que podía valerse por sí mismo, aunque con dificultad.

Sin embargo, el país permaneció económicamente débil, con su agricultura subdesarrollada, dependiente del grano inglés, y con sus habitantes en general hambrientos de bienes extranjeros, especialmente textiles.