El monarca estaba inquieto en lo que respecta al tercer estado, el pueblo.
Al partir de Elvas ya en 1581 y pasando por Arronches, Crato y Ponte de Sor llegó a Tomar, donde iban a ser establecidas las Cortes.
Días después aparecía en la puerta del Convento de Cristo el famoso edicto en el cual Felipe II indultaba a las personas relacionadas con la rebelión del prior de Crato contra su legítima autoridad.
A raíz de esto los tres estados le pidieron al rey que les concediese los privilegios que les había prometido anteriormente.
Se trata, pues, de una unión dinástica, no territorial, ya que no se producirá una homogeneización administrativa y jurídica.