Escaleras de caracol ocultas en las esquinas conducen al Terraço da Cera.
El refectorio es rectangular, con bóveda de cañón y nervaduras formando cajetones cuadrados.
Cuando fue construida la iglesia manuelina, esta permaneció unida a la girola por una arcada.
La girola poligonal, es el centro del conjunto de edificaciones, culminándolas visualmente.
Al norte está la Portaria Real, entre el cuerpo de las Enfermarias y Hospedaria.
La fachada sur está realzada por la arquería del Aqueduto dos Pegões, apoyada en una plataforma rústica, que corresponde al cuerpo del Claustro dos Corvos, Dormitórios y Claustro de D. João III.
En lo que dice respecto a la planta de la iglesia, está compuesta por dos cuerpos diferentes: la girola, actual capilla mayor, y el cuerpo de la nave, que se adapta al desnivel del terreno hacia el oeste, donde posee tres niveles en el entablamiento y marcados por frisos decorativos envolventes, con decoración naturalista de temática manuelina.
El conjunto, en particular la fachada occidental, presenta una abundancia decorativa dotada de un profundo simbolismo mitológico que cruza los símbolos cristológicos y marianos con los de la regia heráldica.
La bóveda está dividida en tres paños, que descansan sobre ocho ménsulas con decoración vegetal y figurativa.
Entre la iglesia/coro y la charola se ha abierto un amplio arco partido que asegura una efectiva interacción entre los dos espacios.