En los Jerónimos se hallan también las tumbas (neomanuelinas) del navegador Vasco da Gama y el poeta Luís de Camões.

[3]​ El puerto de la playa de Restelo era una zona ventajosa para los navegantes debido a su anclaje seguro y a salvo del fuerte viento, codiciado por barcos que entraban por el estuario del Tajo.

[5]​ En 1496, Manuel I solicitó al Papa permiso para construir un monasterio en la zona.

[3]​[4]​ El monasterio fue diseñado en un estilo posteriormente conocido como manuelino: una rica ornamentación arquitectónica con temas escultóricos complejos que incorporan elementos marítimos y objetos descubiertos durante las expediciones navales, esculpidas en caliza.

[3]​[4]​ A la muerte del rey Manuel (1521) las obras se paralizaron y continuaron en tiempos del rey Juan III, hasta que más tarde continuaron con el arquitecto Diogo de Torralva en 1544, cuya fecha aparece grabada en piedra, quien añadió la capilla mayor, el coro y completó las dos plantas del monasterio, usando temas renacentistas.

Se construyó una nueva portada en 1625, así como una puerta al claustro, la casa de los guardianes, una escalera y un vestíbulo que fue la entrada al coro superior diseñada por el arquitecto Teodósio Frias y ejecutada por el masón Diogo Vaz.

[7]​ Milagrosamente, el monasterio no sufrió grandes daños durante el terremoto de 1755 de Lisboa: únicamente la balaustrada y parte del coro superior sufrieron grandes daños, aunque fueron subsanados rápidamente.

Más tarde, fue reemplazado por Samuel Barret, quien edificó las torres en el extremo occidental de los dormitorios.

Esta remodelación sufrió algunos retrasos debido al colapso del dormitorio central en 1878.

Raymundo Valladas comenzó a colaborar en el proyecto a partir de 1884, comenzando dos años más tarde la restauración del claustro y la Sala do Capítulo, lo que incluyó la construcción de una bóveda.

La tumba de Alexandre Herculano, diseñada por Eduardo Augusto da Silva, fue ubicada en la Sala do Capítulo en 1888.

Un año más tarde, el monasterio recibió los restos mortales del poeta João de Deus, y posteriormente se unieron las tumbas de Almeida Garrett (1902), Sidónio Pais (1918), Guerra Junqueiro (1923) y Teófilo Braga (1924).

[8]​[9]​ En 1898 se continuaron las remodelaciones comenzadas por Parente da Silva unos años antes en el anexo central, ahora simplificado, así como la restauración de la sillería del coro, que fue completada en 1924 por el escultor Costa Mota.

En 1938 se desmanteló el órgano ubicado en el coro superior al mismo tiempo que una serie de vidrieras, diseñadas por Abel Manta y ejecutadas por Ricardo Leone, fueron sustituidas en la fachada meridional.

Una serie de ventanales diseñados por Rebocho y ejecutadas por Alves Mendes fueron completadas en 1950.

[9]​ En 1951 los restos mortales del presidente Óscar Carmona fueron enterrados en la Sala do Capítulo.

Sin embargo, en 1966 fueron trasladados al Panteón Nacional para unirse a las tumbas de otros presidentes y símbolos literarios del país.

Ambos cuerpos están limitados por ornamentación tardogótica, con estatuas bajo doseletes y esbeltos pináculos.

Fue diseñada por Castillo cuyas esculturas del rey Manuel I y su esposa María están realizadas por Nicolás de Chantarenne.

Todo el claustro está ampliamente decorado con motivos manuelinos (letra M, esfera armilar, cabos marineros, temas religiosos, hornacinas, medallones, etc.).

Sus paredes están decoradas con la línea de una soga y con azulejos del siglo XVIII.