Por ser el cuarto hijo varón (después de los infantes Juan —futuro Juan III—, Luis y Fernando) fue destinado por su padre a la vida religiosa, y acumuló numerosos beneficios eclesiásticos aun sin tener la edad canónica exigida para ejercer esas dignidades.

Consiguió, en tanto, que el papa designase al joven infante como protonotario apostólico en el reino de Portugal.

Aunque no desempeñase cualquier acción pastoral, recibía las rentas del obispado.

Una vez más le fue conferida dispensa especial por no disponer aun de la edad canónica para presidir una diócesis.

Fijó su residencia habitual en la ciudad que lo viera nacer —Évora— tal como después haría su hermano más joven, también dedicado a la carrera eclesiástica, el cardenal-infante don Enrique.